Caractérisation génétique des populations de truite fario du département

La Fédération de Pêche l’Allier a débuté en 2012 une étude visant à caractériser génétiquement les populations de truites du département de l’Allier. Cette étude s’est poursuivie jusqu’en 2015.

Contexte et objectifs de l’étude

Depuis plus d’un siècle, les activités humaines ont largement modifié l’état de nos cours d’eau (qualité d’eau, barrages, diminution des débits, dégradation des habitats…etc). Ces modifications ont entraîné des déficits de production piscicole (de truites notamment) que les humains ont essayé de “corriger” en déversant massivement des poissons issus d’élevage. Les études menées depuis plusieurs décennies ont démontré que ces déversements n’étaient pas une solution en soi et qu’au contraire, ils posaient souvent des problèmes méconnus jusqu’ici : dérive génétique, risque sanitaire, dégradation des niveaux de populations…etc.

Dans le département de l’Allier, jusqu’en 2007, la Fédération de Pêche avait également une politique engagée dans le repeuplement. Les cours d’eau du département appartiennent au versant Atlantique et sont repeuplés avec la même lignée évolutive mais en utilisant des poissons de bassins hydrographiques différents et après plusieurs générations d’élevage en pisciculture, ce qui peut aussi provoquer des introgressions. Depuis la mise en place du Plan de Gestion Départemental pour la Protection du Milieu Aquatique et la Gestion de la ressource Piscicole (PDPG), la démarche du repeuplement a commencé à s’infléchir car selon le PDPG deux types de cours d’eau sont différenciés :

• Les cours d’eau qui possèdent une gestion patrimoniale qui consiste à préserver les milieux qui fonctionnent encore correctement (c’est à dire les milieux où la truite réalise son cycle biologique complet)
• Les cours d’eau perturbés ou à restaurer où une gestion patrimoniale différée pourrait s’appliquer.

Les populations sauvages sont mieux adaptées aux contraintes du milieu naturel (sécheresses, crues…etc). Les gènes des poissons de pisciculture peuvent modifier ce caractère adaptatif et ainsi fragiliser les populations.

L’objectif de cette étude est donc double :

• identifier le niveau de modification génétique des populations sauvages par les populations introduites ;
• mettre en place (dans un second temps) des plans de conservation qui interdiront tout apport extérieur de poissons là où les populations présenteront des proportions importantes de gènes de souche sauvage.

Pour ce projet,  8 Fédérations de pêche et deux laboratoires de l’INRA se sont associés. Le projet consiste à réaliser un diagnostic sur les populations de truite à une échelle micro-géographique.

Méthodologie

Concrètement, un petit morceau de nageoire adipeuse est prélevé sur environ 30 poissons adultes (plus de 2 ans) prélevés par la méthode de la “pêche électrique” sur chaque station d’étude. Entre 2012 et 2013, 454 truites fario ont fait l’objet d’un prélèvement sur 20 stations choisies sur les cours d’eau à contexte salmonicoles du département et qui sont susceptibles d’abriter encore des populations sauvages.

Les échantillons de nageoire sont conservés dans des piluliers spéciaux et seront transmis à l’INRA de Thonon qui assure les analyses génétiques.Chaque poisson est également photographié. Ces photos permettront de réaliser ultérieurement un parallèle entre les gènes des poissons et leurs critères morphologiques. D’ores et déjà, on constate des différences importantes entre les truites pêchées sur les différents bassins versants.

Les résultats ont permis de localiser les populations natives encore présentes et d’identifier, sur les cours d’eau du département, les zones de conservation prioritaires. Les données obtenues serviront de base à l’établissement de plans de conservation et de restauration des populations natives de truite fario.

Télécharger les rapports :

Télécharger le rapport sur la caractérisation génétique des populations de truites farios du département de l’Allier : Rapport Caract génétique pop TRF_FDPPMA03